১৭৫৭ সালে সংঘটিত পলাশীর যুদ্ধের পর ভারতীয় উপমহাদেশে মুসলিম শাসনের অবসান হয়। আরম্ভ হয় ইংরেজ ঔপনিবেশিক শাসন। রাজত্ব, শাসন ক্ষমতা, সামাজিক মর্যাদা ও প্রভাব-পতিপত্তি হারিয়ে বাংলার মুসলিম সম্প্রদায় গুরুত্বহীন হয়ে পড়ে। বন্ধ হয়ে যায় ইসলামি শিক্ষার কেন্দ্রসমূহ। বাঙালি মুসলিম জনগোষ্ঠী পিছিয়ে পড়তে থাকে সকল ক্ষেত্রে। জাতির এ ক্রান্তিলগ্নে ইসলামি শিক্ষা, সংস্কৃতি ও তাহযবি-তামাদ্দুন রক্ষার জন্য কতিপয় মুসলিম শিক্ষাবিদ ১৭৮০ সালের সেপ্টেম্বর মাসে ইস্ট ইন্ডিয়া কোম্পানীর ভারতীয় বড় লাট স্যার ওয়ারেন হেস্টিংস-এর সাথে সাক্ষাৎ করে কলকাতায় একটি মাদরাসা প্রতিষ্ঠার প্রস্তাব দেন। যাতে এ মাদরাসার শিক্ষিত যুবকগণ সরকারি অফিস আদালতে জজ, এম.এস.আর ইত্যাদি পদে নিয়োগ প্রাপ্ত হতে পারেন। বড় লাট তাঁদের প্রস্তাব সাদরে গ্রহণ করেন। কলকাতার বৈঠকখানা রোডে মাসিক একশত টাকায় একটি বাড়ি ভাড়া করে ১৭৮০ সালে মাদরাসা চালু করা হয়। মাদরাসার প্রথম পরিচালক ছিলেন মাওলানা মজদুদ্দীন ওরফে মোল্লা মদন (রহ.)। তাঁর মাসিক বেতন ধার্য হয় তিনশত টাকা। ১৭৮০ সালের অক্টোবর থেকে ১৭৮১ সালের এপ্রিল পর্যন্ত মোট সাত মাস ভাড়া করা বাড়িতে মাদরাসাটি চলতে থাকে। ছাত্র সংখ্যা বৃদ্ধির কারণে স্থান সংকুলান না হওয়ায় কলকাতার পদ্মপুকুর লেনে একখ- জমি কিনে বড় লাট মাদরাসার জন্য একটি দালান নির্মাণ করেন। এর নাম রাখা হয় মোহামেডান কলেজ। ১৭৮৫ সালে ওয়ারেন হেস্টিংস এ শিক্ষা প্রতিষ্ঠানটির যাবতীয় ব্যয় নির্বাহের দায়িত্ব সরকারের উপর ন্যস্ত করেন। মাদরাসার প্রশাসনিক দায়িত্ব একটি বোর্ড অব ডাইরেক্টরস-এর হাতে অর্পণ করেন। মাদরাসা মহল নামে একটি ভূ-সম্পত্তি খরিদ করে এর আয় মাদরাসার জন্য বরাদ্দ করেন। পদ্মপুকুর লেন হিন্দু অধ্যুষিত হওয়ায় ১৮২৪ সালে ঐ এলাকার সম্পত্তি বিক্রি করে ওয়েলেসলি স্ট্রীটের পাশে গোল তালাব (হাজী মহসিন স্কোয়ার) এলাকায় উপযুক্ত জায়গা খরিদ করা হয়। ১৮২৪ সালের জুলাই মাসে মাদরাসার নতুন ভবনের ভিত্তি প্রস্তর স্থাপন করেন তৎকালীন গভর্নর জেনারেল ডরষষরধস চরঃঃ অসযবৎঃ. ওয়েলেসলি স্ট্রীটে নতুন মাদরাসা ভবন স্থানান্তরিত হয়। ১৭৮১ হতে ১৮১৯ সাল পর্যন্ত মাদরাসাটি বোর্ড অব গভর্নরস দ্বারা পরিচালিত হয়। ১৮১৯ হতে ১৮৫০ সাল পর্যন্ত ইংরেজ সেক্রেটারী ও মুসলমান সহকারি সেক্রেটারীর অধীন বোর্ড অব গভর্নরস দ্বারা মাদরাসা পরিচালিত হয়।

১৮৫০ সালে ড. এ স্পেংগার (এম.এ.)-কে অধ্যক্ষ পদে প্রথম নিয়োগ করা হয়। ১৯২৭ সাল পর্যন্ত ৭৭ বছরব্যাপী ইংরেজ অফিসারগণ এ পদে দায়িত্ব পালন করেন। শামসুল উলামা খাজা কামালুদ্দীন আহমদ (আই.ই.এস) সর্বপ্রথম মুসলমান হিসেবে ১৯২৭ সালে মাদরাসার অধ্যক্ষ পদে নিয়োগ লাভ করেন। ১৯৪৭ সালে ভারতবর্ষ স্বাধীন হলে মাদরাসা-ই-আলিয়ার যাবতীয় আসবাবপত্র, লাইব্রেরির মূল্যবান কিতাবপত্র, বোর্ডের সকল রেকর্ডপত্র এবং ইলিয়ট হোস্টেলের যাবতীয় আসবাবপত্র ঢাকায় স্থানান্তর করা হয়। মাদরাসার অধ্যক্ষ খান বাহাদুর জিয়াউল হক ও জনাব খান বাহাদুর বদিউর রহমান (এ.ডি.পি.আই) মাদরাসার কতিপয় শিক্ষক ও ছাত্রের সহযোগিতায় মাদরাসা স্থানান্তরের কাজ সম্পন্ন করেন। ঢাকায় স্থানান্তরের পর লক্ষীবাজারের ইসলামিক ইন্টারমিডিয়েট কলেজ (বর্তমান কবি নজরুল সরকারি কলেজ) ও ডাফরিন মুসলিম হোস্টেলে মাদরাসার কার্যক্রম চালু করা হয়। ১৯৫৬ সালে তদানিন্তন প্রাদেশিক শিক্ষামন্ত্রী জনাব আশরাফ আলী চৌধুরী এবং মাদরাসার অধ্যক্ষ জনাব প্রফেসর মকবুল আহমদ সাহেবের একান্ত প্রচেষ্টায় বখশীবাজার এলাকায় (বর্তমান জায়গায়) মাদরাসার জন্য জমি বরাদ্দ করা হয়। মাদরাসার ভবন ও হোস্টেল নির্মাণ করার জন্য সরকারি তহবিল থেকে তেত্রিশ লক্ষ টাকা মঞ্জুর করা হয়। ১৯৫৮ সালের ১১ মার্চ মাদরাসার ভবন ও ছাত্রাবাসের ভিত্তি প্রস্তর স্থাপন করেন তদানিন্তন পূর্ব পাকিস্তানের প্রধানমন্ত্রী জনাব আতাউর রহমান খান। ১৯৬০ সালে মাদরাসাটি লক্ষীবাজার থেকে বর্তমান স্থানে স্থানান্তরিত হয়।

১. শিক্ষকমন্ডলী: মাদরাসাটিতে সরকারি শিক্ষকগণের সৃষ্টপদ ৬৯টি। শিক্ষকগণ প্রায় সকলেই প্রথম শ্রেণির গেজেটেড অফিসার। তাঁরা বিসিএস (সাধারণ শিক্ষা) ক্যাডার কর্মকর্তা। মাদরাসার আরবি ও ইসলামি শিক্ষা বিভাগের অন্তর্ভুক্ত সাতটি বিষয়ের শিক্ষকগণ আরবি ভাষা ও সাহিত্যে সুপরিচিত এবং ইসলামী জ্ঞানে সুদক্ষ। তাঁরা সকলে দেশের সেরা মাদরাসা থেকে কামিল ও এম.এ ডিগ্রীধারী। বাংলা, ইংরেজি, ইতিহাস, অর্থনীতি, রাষ্ট্রবিজ্ঞানসহ বিজ্ঞান ও সাধারণ বিষয়সমূহের শিক্ষকগণ দেশের বিভিন্ন বিশ্ববিদ্যালয় থেকে স্নাতকোত্তর পরীক্ষায় উত্তীর্ণ। মাদরাসার শিক্ষকগণ শিক্ষার্থীদের আন্তরিকতার সাথে নিয়মিত পাঠদান করে থাকেন। শিক্ষার্থীদের সুন্দর ভবিষৎ গঠনে তাঁরা বিরাট অবদান রাখেন।

২. লাইব্রেরি : আজ থেকে ২৩৫ বছর পূর্বে প্রতিষ্ঠিত মাদরাসার লাইব্রেরিটিকে তৎকালীন ভারত উপমহাদেশের প্রাচীনতম ও শ্রেষ্ঠতম লাইব্রেরি মনে করা হয়। এ লাইব্রেরির বিশাল গ্রন্থাগারে কয়েক সহস্র দুষ্প্রাপ্য ও প্রাচীন গ্রন্থ রয়েছে। লাইব্রেরিতে সুরক্ষিত আছে অনেক মূল্যবান পান্ডুলিপি। আরবি, ফার্সি, উর্দু, ইংরেজি ও বাংলা ভাষার বিভিন্ন গ্রন্থে লাইব্রেরিটি সমৃদ্ধ। বিভিন্ন ভাষায় রচিত মূল্যবান গ্রন্থে লাইব্রেরিটি ভরপুর। অনেক গবেষণামূলক গ্রন্থ এ লাইব্রেরিতে রয়েছে। দেশ ও বিদেশের এম.ফিল ও পিএইচ.ডি গবেষকগণ এই লাইব্রেরেরিত গবেষণা করে থাকেন। কামিল শ্রেণির সকল শিক্ষার্থীকে প্রয়োজনীয় পাঠ্যবই ও কিতাব লাইব্রেরি থেকে সরবরাহ করা হয়। অন্যান্য শিক্ষার্থীগণও লাইব্রেরি থেকে বই-পুস্তক গ্রহণ করা ও লাইব্রেরিতে বসে অধ্যয়ন করার সুযোগ পেয়ে থাকে।

৩.কম্পিউটার ল্যাব: সরকারি মাদরাসা-ই-আলিয়া, ঢাকায় একটি অত্যাধুনিক কম্পিউটার ল্যাব রয়েছে। এই ল্যাবে সরকার কর্তৃক প্রদত্ত ১০টি উন্নত মানের কম্পিউটার বিদ্যমান। কম্পিউটার ল্যাবটির মাধ্যমে মাদরাসার ছাত্রগণ পর্যায়ক্রমে বিনা খরচে কম্পিউটার শিক্ষার সুযোগ লাভ করে থাকে।

৪. সেমিনার : মাদরাসায় একটি সুবিশাল লাইব্রেরি ছাড়াও বিভিন্ন বিষয়ের বহু গ্রন্থের সমন্বয়ে একটি সমৃদ্ধ সেমিনার রয়েছে। সেমিনারে বিভিন্ন ভাষায় রচিত অতি মূল্যবান ও যুগোপযোগী গ্রন্থাদি রয়েছে। মাদরাসার সকল শ্রেণির শিক্ষার্থীরা সেমিনারে নিয়মিত অধ্যয়ন করে থাকে।

৫. ছাত্রাবাস: মাদরাসার একাডেমিক ভবনের পূর্ব পাশে চারতলা বিশিষ্ট একটি মনোরম ছাত্রাবাস রয়েছে। ছাত্রাবাসের নাম আল্লামা কাশগরী (রহ.) হল। ছাত্রবাসের আসন সংখ্যা তিনশতাধিক। একজন হোস্টেল সুপার ও একজন সহকারী হোস্টেল সুপারের তত্ত্বাবধানে ছাত্রাবাসটি পরিচালিত হয়। কয়েকজন আবাসিক শিক্ষক ছাত্রাবাসে অবস্থান করে আবাসিক ছাত্রদের সার্বিক সহযোগিতা করে থাকেন। ছাত্রাবাসে একটি ডাইনিং রুম, একটি সেমিনার কক্ষ, একটি মসজিদ ও একটি লাইব্রেরি রয়েছে। আবাসিক ছাত্ররা নিয়মিত শরীর চর্চা ও খেলাধুলার সুযোগ লাভ করে থাকে। ছাত্রাবাস কর্তৃপক্ষের সহযোগিতা করার জন্য একটি শক্তিশালী হল কমিটি রয়েছে।

৬.পাঠদান কার্যক্রম: বছরের শুরুতে সিলেবাস অনুযায়ী বিষয়বস্তুসমূহের মাস ভিত্তিক পাঠ পরিকল্পনা প্রণয়ন করা হয় এবং সে অনুযায়ী সিলেবাসভুক্ত বিষয়সমূহের পাঠদান সমাপ্ত করা হয়। প্রতি ১৫ দিন অন্তর অন্তর সকল বিষয়ের শিক্ষকগণ নিজ নিজ বিষয়ের পঠিত অংশের একটি লিখিত পরীক্ষা গ্রহণ করেন। আরবি ও ইংরেজি ভাষায় দক্ষতা বৃদ্ধির লক্ষ্যে বিভিন্ন সেমিনার ও প্রশিক্ষণের ব্যবস্থা গ্রহণ করা হয়।

৭. অভিভাবকগণের সাথে যোগাযোগ: মাদরাসা কর্তৃপক্ষ মাঝে মধ্যে ছাত্রদের অভিাবকগণের নিকট পত্র প্রেরণ করে থাকেন। অভিভাবকগণের সন্তান-সন্ততির শিক্ষা গ্রহণের সার্বিক অবস্থা মূল্যায়ন এবং তাঁদের দায়িত্ব ও কর্তব্য সম্পেের্ক সচেতনতা সৃষ্টির উদ্দ্যেশে এধরনের পত্র যোগাযোগ ও মতবিনিময় কার্যক্রম গ্রহণ করা হয়। শিক্ষার মান উন্নয়ন এবং মাদরাসার সার্বিক উন্নয়ন এর লক্ষ্যে অভিভাকগণের নিকট থেকে পরামর্শ গ্রহণ করা হয়।

৮. শিক্ষক-ছাত্র যৌথ সমাবেশ: প্রতি দুইমাস অন্তর একবার মাদরাসার অডিটোরিয়ামে শিক্ষক ও ছাত্রদের যৌথ সমাবেশের আয়োজন করা হয়। এ সমাবেশে ছাত্রদের লেখাপড়ার মান উন্নয়ন, পরীক্ষায় নকল প্রবণতার প্রতি ঘৃণা সৃষ্টি, শিক্ষার্থীদের আচার-আচরণ সুন্দরকরণ ও ভবিষ্যত উজ্জ্বলকরণ সম্পর্কে বস্তুনিষ্ঠ আলোচনা করা হয়। ক্যারিয়ার গঠন সম্পর্কে প্রয়োজনীয় পরামর্শ প্রদান করা হয়।

৯. সহপাঠ্যক্রম কার্যাবলী: বছরের বিভিন্ন সময়ে মাদরাসার অডিটোরিয়ামে বিতর্ক প্রতিযোগিতা ও উপস্থিত বক্তৃতার আয়োজন করা হয়। দেয়ালিকা প্রকাশ, হামদ-নাত, কুরআন তিলাওয়াত, ইসলামী সঙ্গীত, কবিতা আবৃত্তিসহ বিভিন্ন বিষয়ে প্রতিযোগিতার ব্যবস্থা করা হয়। তাছাড়া অভ্যন্তরীণ খেলাধুলা, বার্ষিক শিক্ষা সফর ও বনভোজনের আয়োজন করা হয়। ছাত্রাবাস সংলগ্ন খেলার মাঠে ফুটবল, ক্রিকেট, ব্যাডমিন্টন, ভলিবল ইত্যাদি খেলাধূলার ব্যবস্থা করা হয়। প্রতিবছর বার্ষিক ক্রীড়া প্রতিযোগিতা ও সাহিত্য সংস্কৃতি সপ্তাহ উদযাপন করা হয়। মাদরাসায় রোভার স্কাউট ও বিএনসিসি-এর কার্যক্রম চালু আছে।

১০. বিজ্ঞানাগার: মাদরাসায় দাখিল ও আলিম স্তরের বিজ্ঞান শাখার ছাত্রদের জন্য উন্নতমানের পৃথক পৃথক চারটি বিজ্ঞানাগার রয়েছে। বিজ্ঞানাগারে প্রয়োজনীয় বৈজ্ঞানিক যন্ত্রপাতি ও গবেষণা উপাদান রয়েছে। প্রতি অর্থ বছরের সরকারি বাজেট থেকে বিজ্ঞানাগারের প্রয়োজনীয় মালামাল ক্রয় করা হয়।

১১. মাদরাসার শ্রেণি ও বিভাগসমূহ: মাদরাসায় মোট পাঁচটি স্তরে ঊনচল্লিশটি শ্রেণি রয়েছে। যথা:

ক. দাখিল স্তর : ইবতেদায়ী পঞ্চম শ্রেণি হতে দাখিল দশম শ্রেণি পর্যন্ত মোট ছয়টি শ্রেণি রয়েছে। দাখিল নবম ও দশম শ্রেণিতে সাধারণ, বিজ্ঞান ও মুজাব্বিদ-এই তিনটি শাখা রয়েছে।

খ. আলিম স্তর: আলিম শ্রেণিতে সাধারণ, বিজ্ঞান ও মুজাব্বিদ শাখা চালু আছে। প্রতিটি শাখায় ১ম বর্ষ ও ২য় বর্ষ নামে মোট ০৬টি শ্রেণি রয়েছে।

গ. ফাযিল (বি.এ) স্তর: তিনবছর মেয়াদী ফাযিল স্নাতক কোর্সে বিএ, বিটিআইএস ও বিএসএস-এ তিনটি বিভাগ চালু আছে। প্রতিটি বিভাগে ১ম বর্ষ, ২য় বর্ষ ও ৩য় বর্ষ নামে মোট ০৯টি শ্রেণি রয়েছে। এ তিনটি বিভাগের সকল বিষয় এ মাদরাসায় রয়েছে।

ঘ. কামিল (এম.এ) স্তর: কামিল (এম.এ) স্তরে হাদীস, তাফসীর, ফিকহ্ ও আদব এ চারটি বিভাগ চালু আছে। প্রতিটি বিভাগের অধীন ১ম পর্ব ও ২য় পর্ব নামে ০২টি করে মোট ০৮টি শ্রেণি রয়েছে।

ঙ. ফাযিল স্নাতক (অনার্স) কোর্স: ২০১০-২০১১ শিক্ষাবর্ষ থেকে প্রথমবারের মত চার বছর মেয়াদী ফাযিল স্নাতক (অনার্স) কোর্স চালু হয়েছে। ইসলামী বিশ্ববিদ্যালয়, কুষ্টিয়া-এর অধীনে সরকারি মাদ্রাসা-ই-আলিয়া, ঢাকায় আল কুরআন এন্ড ইসলামিক স্টাডিজ বিভাগ এবং আল-হাদীস এন্ড ইসলামিক স্টাডিজ বিভাগ খোলা হয়েছে এবং ইসলামী আরবি বিশ্ববিদ্যালয়, ঢাকা-এর অধীনে ২০১৫-২০১৬ শিক্ষাবর্ষ থেকে ইসলামের ইতিহাস ও সংস্কৃতি বিভাগ, দা’ওয়াহ এন্ড ইসলামিক স্টাডিজ বিভাগ এবং আরবি ভাষা ও সাহিত্য বিভাগ খোলা হয়েছে।তাছাড়া ২০১৪-২০১৫ শিক্ষাবর্ষ থেকে উপরোক্ত ৫টি বিভাগে কামিল মাস্টার্স (১ বছর মেয়াদী) কোর্সও চালু রয়েছে। প্রতিটি বিভাগের অধীনে ১ম বর্ষ, ২য় বর্ষ, ৩য় বর্ষ, ৪র্থ বর্ষ নামে অনার্স এবং মাস্টার্স নামে ০৫টি করে মোট ১০টি শ্রেণি রয়েছে। অনার্স শ্রেণিতে ভর্তির জন্য সাধারণ ও বিজ্ঞান বিভাগের ছাত্রদের চতুর্থ বিষয়সহ দাখিল ও আলিম পরীক্ষায় পৃথক পৃথক ভাবে ন্যূনতম জিপিএ ৩.০০ এবং একত্রে কমপক্ষে জিপিএ ৬.০০ থাকতে হয়। লিখিত পরীক্ষার মাধ্যমে মেধাক্রম ও অপেক্ষমান তালিকা প্রস্তুত করা হয়। প্রতিটি বিভাগের আসন সংখ্যা মোট ৫০টি।